在向福建省反馈时，督察组直言“一些地方重发展、轻保护的观念还没有根本扭转，有的甚至要求保护为发展让路”。
督察组发现，宁德市为了给建设项目腾出空间，于2012年、2015年两次擅自违规调整环三都澳湿地水禽红树林自然保护区范围和功能区划，导致自然保护区面积锐减至2442.64公顷，缩减94%。三明市党委政府和省住房城乡建设、自然资源等部门依法履行环境保护管理职责不到位，为永安金银湖水泥有限公司两个灰岩矿保留采矿权找理由、开口子，对桃源洞——鳞隐石林国家重点风景名胜区生态保护造成较大影响。
在重庆督察时，督察组发现，“一些地方和部门在推进生态环境保护工作中认识不够到位，行动不够自觉”。
重庆市及巫山县两级经信部门明知重庆矿业开发有限公司JT窑水泥生产线应于2012年年底前淘汰，却始终未将其列入淘汰计划。巫山县长期放任该企业违法生产，甚至在该企业生产许可证到期后，还出面协调有关方面为该企业换发生产许可证，导致该企业长期违法排污、破坏生态，对长江保护带来威胁。
此外，重庆市潼南区先后在潼南工业园（北区）引进20个规划明令禁止的工业项目，导致园区环境问题突出，群众反映强烈，特别是臭气扰民问题，2017年以来群众举报多达625件。垫江县60多家榨菜加工企业废水集中处理设施普遍运行不规范，大足区龙水镇1900余家“小五金”加工企业产业整合升级推进缓慢，区域环境问题长期得不到有效解决。还有一些区县对群众身边的生态环境问题重视不够，督察组现场抽查29件群众举报，发现有7件办理不到位。如垫江县未经深入调查，就反馈称群众举报的重庆拓凯环保技术有限公司污染扰民问题不属实。
“对贯彻落实长江大保护战略决策认识不深入，‘共抓大保护、不搞大开发’的理念树立还不够牢固。”督察组在向重庆市反馈督察情况时直言不讳。作为长江经济带的重要城市，重庆市还被指出长江岸线治理修复仍有薄弱环节。部分地方违规建设港口码头，侵占破坏岸线。如长江、乌江涪陵段共有7个违规码头，累计侵占破坏岸线约2.9公里。万州区华歌生物化学有限公司两万吨四氯吡啶项目选址位于长江干流1公里范围，违反国家有关要求，但万州区政府及万州经开区管委会默许项目建设，区生态环境局还于2019年4月批准项目环境影响评价报告书，直到督察组发现后才叫停项目。
需要保护好三江源的青海省，在此次督察中也被指出“落实生态优先绿色发展理念有差距”。
督察组发现，作为全国最早的13个循环经济试验区之一的柴达木循环经济试验区，试验区内4家纯碱生产企业长期将蒸氨废液排入晾晒池蒸发处理，年排放量高达3000万吨。对盐湖资源利用和保护缺乏总体规划和布局，基本处于“有盐湖就有开发”状态；“以水定产”落实不力，部分企业长期违规大量取水，一些企业长期违规拦坝取水、破坏河湖自然生态，青海盐湖集团仅2018年就违规从格尔木河引水约1亿立方米，有关部门对此不重视、不监管，默许放任，导致部分区域盐渍化、荒漠化问题加剧。
督察组指出，青海省林草部门未按要求时间开展草原生态及基本状况调查，自然资源确权等工作推进缓慢。省发改、能源、工信等部门未按规定出台打赢蓝天保卫战实施细则，控制煤炭消费总量、削减非电力用煤等目标均未实现，特别是2018年非电力用煤同比增加225万吨。此外，达日县吉迈镇满恰沟采砂场擅自占用天然草场110余亩，违法侵占吉迈河道，生态破坏严重，环境影响突出。黄南州泽库县擅自将麦秀镇垃圾填埋场选址于三江源国家级自然保护区内，环境隐患突出。
在本次督察中，央企首次被纳入督察范围。督察组发现，中国五矿集团有限公司在具体工作中，存在重扩张、轻环保问题。五矿集团为进入稀土领域，明知赣县红金公司产能批建不符仍完成收购；放任赣县红金、定南大华等企业未批先建，在污染治理不到位的情况下，多次向其下达超过环评批复产能的生产任务指标。
五矿集团下属鲁中矿业甚至在明令禁止的情况下，仍采用崩落法采矿，导致矿区出现11公顷的塌陷地块，也未开展土
